Alfa1-antitrypsín sa v 95 % tvorí v pečeni. Pri genetickej poruche, ktorá je príčinou nedostatku AAT alebo jeho zmenenej funkcie, dochádza k tzv. polymerizácii AAT. Veľká polymérová molekula AAT nemôže byť vyplavená do krvi, hromadí sa v pečeni a poškodzuje ju. Druhým najčastejším prejavom je preto pečeňová cirhóza. Najmä u nefajčiarov sa môže objaviť pečeňová cirhóza bez postihnutia pľúc. Konečné štádium pečeňovej cirhózy predstavuje nutnosť transplantácie pečene.

Menej často sa vyskytujú postihnutia ďalších orgánov, napr. pokožky (panikulitída) alebo hrubého čreva a obličiek.